Клиника расположена в 15 км от МКАД на месте бывшей боярской (Юрия Милославского), позднее дворянской, усадьбы, упоминаемой в летописях с 1627 года. В 1913 году землю приобрела Московская городская Управа. Ныне это район г. Москвы – Некрасовка. Здравоохранение в этой местности прошло путь от фельдшерско-акушерского пункта в 1913 году, до городской больницы № 10, позднее «Московский центр медицинской реабилитации» и «Многопрофильная клиника медицинской реабилитации» в настоящее время.

Городская больница № 10 была открыта в декабре 1966 года, вначале на 150 коек (терапевтического и неврологического профилей), затем количество коек возросло до 720 за счет выстроенных в 1983-1984 гг. двух семиэтажных корпусов. До марта 1989 года функционировала как «скоропомощная» и находилась в ведении «Управления здравоохранения Волгоградского района города Москвы». С 30 марта 1989 года приказом Главного Управления здравоохранения г. Москвы № 157 больница преобразована в «Московский центр медицинской реабилитации». Он стал первым в столице крупным специализированным учреждением, осуществляющим восстановительное лечение пациентов с нарушениями функций опорно-двигательного аппарата и нервной системы, и за короткий срок превратился в ведущее учреждение своего профиля.

С 01.03.2012 года, в результате реорганизации, городская больница № 10 вошла в состав «Московского научно-практического центра медицинской реабилитации, восстановительной и спортивной медицины Департамента здравоохранения города Москвы» в качестве Филиала № 2 «Многопрофильная клиника медицинской реабилитации». С 01.10.2013 г. поликлиника филиала перешла в подчинение «Городской поликлиники № 23».

С 01.01.2015 г. Филиал № 2 «Многопрофильная клиника медицинской реабилитации» преобразован в Филиал № 3. В настоящее время   единственное учреждение в г. Москве, имеющее 510 стационарных коек для медицинской реабилитации.